En el torneo colombiano, replicas camisetas futbol Junior queda décimo del Apertura con 15 puntos. En el Torneo Finalización, Junior queda segundo con 38 puntos (3 menos que el líder América de Cali). Junior participa en su primera Copa Conmebol. En 1996 participa en su sexta Copa Libertadores, quedando en el grupo 3 junto a América de Cali, San José de Bolivia y Guabirá de Bolivia. Al final del año salen del equipo José María Pazo y Oswaldo Mackenzie. A final de año se marchan Oswaldo Mackenzie y Alexis Mendoza. A final de año sale Alexis Mendoza. En 1993 vuelven Alexis Mendoza, Miguel «Niche» Guerrero y Oswaldo Mackenzie. Suplentes: Alfredo Steffanel, Ronald Valderrama, Carlos Araujo, Oswaldo Mackenzie, Marcio Rodríguez. Suplentes: Luis Octavio Gómez, Flaminio Rivas, Luis Grau, Carlos Araujo, camisetas de futbol Adriano Samaniego. Al final del año salen jugadores importantes como Carlos Valderrama y Cristián Montesinos. Carlos «El Pibe» Valderrama (incluido en el top 50 de los mejores jugadores de fútbol de la historia según la FIFA). En medio de esta suspensión la dirigencia mandó a los jugadores a que se acogieran al seguro de cesantía, lo que gatilló un problema salarial entre Blanco y Negro y el plantel, quienes cortaron las relaciones con los dirigentes.

El club de La Ribera difundió las fotos y los videos de la flamante remera suplente, que utilizará como mínimo durante el primer semestre del 2025. Con los jugadores del primer equipo masculino y femenino como modelos, la institución comunicó que la misma está «inspirada en la bandera Xeneize». El 9 de febrero del 2022, la delantera firmó su nuevo contrato, siendo el nuevo refuerzo de Junior de Barranquilla para el nuevo certamen de la liga femenina de Colombia, más conocida como la Liga Dimayor. Disputó la Liga de las Américas 2007/08 donde en la Ronda preeliminar le tocó el Grupo C. Por la primera ronda cayó ante Defensor Sporting (Uruguay) por 73-94. En la segunda fecha venció al Flamengo 77-76. Cayó ante Minas Tênis Clube (Brasil) 76-65. Finalizó en la tercera ubicación del grupo y se despidió del Torneo. En los octavos de final se enfrenta con Colo-Colo de Chile, terminando en un resultado global 3-3. En los penaltis, Junior ganó 4-3. En los cuartos de final, Junior se enfrentó a Independiente Medellín ganando 2-0. En las Semifinales, enfrenta al club argentino Vélez Sársfield. El club obtinen 31 puntos, el campeonato jugado con 14 clubes.

Junior clasifica a su quinta Copa Libertadores y gana por tercera vez el campeonato colombiano. El desempeño durante el Campeonato del Mundo de 1999 en Nigeria no fue tan bueno. La transferencia se haría en 8,3 millones de dólares por el 80 % del pase. Al acabar este torneo sale del equipo Omar Sebastián Pérez. A final de año sale del equipo Miguel Ángel «El Niche» Guerrero. Miguel Ángel «El Niche» Guerrero queda goleador con 34 goles. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior queda en el grupo B, junto a América de Cali, Millonarios y Once Caldas. En los Cuadrangulares Finales, Junior queda en el grupo A junto a Atléitco Nacional, Millonarios y Once Caldas. En el Torneo Apertura colombiano, Junior queda ubicado en el grupo A terminando quinto con 16 puntos. En la Reclasificación, Junior terminó cuarto con 54 puntos, clasificando Junior a los Grupos Semifinales. En el Finalización, Junior queda cuarto con 35 puntos, ganando 0,25 puntos de bonificación y clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. En el Torneo Apertura, Junior termina cuarto con 34 puntos.

Junior termina tercero con 5,25 puntos. En el Torneo Finalización, Junior termina tercero con 35 puntos. En el Torneo Apertura 1995/96, Junior queda ubicado en el grupo B, donde termina tercero con 25 puntos. En 1995 queda campeón de Torneo Colombiano con 62 puntos (2 más que el subcampeón América de Cali). En los Grupos Semifinales, Junior queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Atlético Bucaramanga y Millonarios. Junior termina último con 7 puntos quedando eliminado del torneo. En el Finalización, Junior termina sexto del grupo B. En la Reclasificación, Junior termina séptimo con 65,25 puntos quedando eliminado del torneo. En la Copa Mustang II, Junior termina octavo con 39 puntos. En la Reclasificación, Junior termina octavo con 64 puntos. En el Torneo Finalización, Junior quedó en el grupo A, terminando séptimo con 11 puntos. En los Cuadrangulares comparte el grupo D junto a Atlético Bucaramanga, Asociación Deportiva Unión Magdalena y Deportivo Unicosta. María Esther Duffau (Buenos Aires; 26 de julio de 1933-Buenos Aires; 30 de abril de 2008), más conocida por el seudónimo de «La Raulito», fue una célebre simpatizante argentina del Club Atlético Boca Juniors.

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