Ante la gran cantidad de bajas que presentaba el cuadro de la Huerta Norte para el partido de desempate la Federación española de fútbol decidió que lo disputara el semifinalista, Sevilla FC, camiseta real madrid que finalmente fue derrotado por el equipo asturiano. El partido de ida, en el campo de la calle Santa Coloma, finalizó con empate a dos, con goles de Marín. El 9 de septiembre de 1950 el CD San Andrés debutó en Segunda división, con una victoria por 1-2 en el campo del Gerona CF. La temporada 1940/41 el club continuó su progresión, quedando subcampeón de Regional A. En consecuencia, al término de la campaña disputó la Tercera División, que por entonces era la denominación de la liguilla final de promoción a Segunda División. El primer paso lo dio la campaña 1946/47, finalizando como campeón de la liga de Primera Catalana y ascendiendo a Tercera División. En las primeras temporadas del regreso del CD San Andrés a Tercera División el equipo se mantuvo en la zona alta, llegando a proclamarse campeón de su grupo la temporada 1957/58. Con Pepe Planas en el banquillo y el internacional Rosendo Hernández como jugador más destacado, el equipo disputó ese año la promoción de ascenso contra el UD Lérida.
En cuatro años, el equipo pasaría de jugar en Regional a quedarse a las puertas de la Primera División. En marzo de 2003, la cadena y las 13 conferencias de la División I-AA de la NCCAA acordaron iniciar el Clásico All-Star de Fútbol Americano Universitario de la División I-AA de la NCAA que se celebrará y transmitirá el 30 de diciembre en Fort Lauderdale, Florida. En la categoría de bronce logró un segundo y cuatro puesto y, finalmente, el campeonato la temporada 1949/50. Tras una larga de fase de promoción, el 9 de julio de 1950, en el Estadio Torrero de Zaragoza, venció en la eliminatoria final a la SD Erandio por 3-1, logrando el ascenso a Segunda División por primera vez en su historia. En la ida de la promoción de ascenso el Sant Andreu se impuso por la mínima al CA Osasuna en Barcelona, pero los pamploneses igualaron en el partido de vuelta y vencieron 2-0 en el de desempate, en un partido disputado en el Estadio de La Romareda.
En los años siguientes el club vivió su época dorada, encadenando ocho temporadas en la categoría de plata, con destacadas actuaciones en la Copa del Rey y superando los 6.000 socios, lo que llevó a la construcción de un nuevo estadio. En las dos primeras temporadas se logra una novena posición, y en la tercera el equipo acaba cuarto clasificándose para disputar la Copa del Rey del año siguiente. Los partidos entre los tres rivales de Bucarest a menudo terminan con enfrentamientos entre los aficionados rivales antes o después del partido en el que, a menudo, debe mediar las fuerzas de policía rumanas. El sorteo tuvo lugar el 19 de enero de 2024. Se jugarán un total de 4 eliminatorias a partido único los días 23, 24 y 25 de enero de 2024. Esta será la última ronda clasificatoria que se dispute a partido único. Tras empatar en los partidos de ida y vuelta (2-2 en Barcelona y 1-1 en Lérida) los ilerdenses se impusieron por 2-0 en el partido de desempate.
El equipo peor clasificado jugó en casa la ida de la eliminatoria. 1-0 ante el mismo equipo italiano en el CNE Stadium de Toronto, Canadá, por la Consular Cup. Ante la imposibilidad de mantenerse económicamente en Segunda División, el CD San Andrés renunció a su plaza y fue descendido a Tercera. Poco a poco, los surcoreanos fueron demostrando su superioridad física frente al conjunto español, que empezaba a preocuparse ante la falta de acierto. La primera ronda la superan tras vencer, a doble partido, al F. P. R. El Olivo con un global de 4-0. La segunda y última ronda la pierden frente al Fundación Albacete con un global de 2-3. Al finalizar la campaña el presidente, Andrés Clavijo, consigue que varias empresas aporten financiación al club para poder fichar a varias jugadoras de la primera categoría y poder conseguir el ansiado ascenso. El objetivo del nuevo presidente, Francesc Aresté es devolver al equipo a Segunda B., Para ello se contrata, primero, al técnico Francesc Ricart, y luego a Luis Aloy (1981), además de jugadores como Vilches, Mendoza, Jose o Telechea. En la vuelta en Alcoy se mantuvo el empate a uno hasta el minuto 77, cuando Giralt marcó el gol de la victoria y del ascenso a Segunda División del Sant Andreu, por segunda vez en su historia, desatando una auténtica locura en la barriada andresense, donde miles de persones recibieron a los jugadores como auténticos héroes.