Durante todo el campeonato el elenco verdolaga no sólo mantuvo su regularidad, camisetas baratas futbol sino que lo hacía exhibiendo un fútbol vistoso. Durante la candidatura, el lema fue Wir sehen uns im Herzen Europas, que en español equivale a «Nos vemos en el corazón de Europa». En aquel torneo de 1958, el Atlético Nacional / Independiente Nacional cumplió una buena presentación: ocupó el quinto lugar y durante gran parte del campeonato estuvo de segundo y peleando la punta. En 1965 se cumplió la única actuación destacada de la década al obtener el subcampeonato a tan sólo dos puntos del primer lugar. De lo destacable, la regularidad de Balassanián que continuó haciendo goles, y el marcador de punta nacido en Sopetrán (Antioquia), Cristóbal Yotagrí, quien se destacó como uno de los mejores jugadores del campeonato. Después de haber tenido la denominación coloquial de ya mérito-debido a las abruptas caídas en temporadas donde se perfilaba como campeón-, el Guadalajara se convirtió en la dinastía más dominante de la época al ganar cuatro campeonatos de liga consecutivos entre 1958-1962 y un total de ocho en un lapso de 13 años entre 1957 y 1970. En ese mismo periodo obtuvo dos títulos de la Copa México, en 1962 y 1970, y siete como Campeón de Campeones entre 1957 y 1970. También consiguió el título de campeón de la Copa de Campeones de la Concacaf 1962. Todo ello bajo un naciente y masivo apoyo popular en todo el país, basándose en la simpatía que le generaba al público su condición de jugar exclusivamente con jugadores nacidos en México.

Prueba de la crisis son los cuatro técnicos que Nacional tuvo durante ese corto lapso, (José Etchegoyen, René Seghini, Julio Tóker, y Julio «Chonto» Gaviria) quienes no pudieron revertir los resultados y en cambio salían debido al bajo rendimiento del equipo. En mayo, el elenco verdolaga inició su participación en el campeonato bajo el nombre extraoficial de «Independiente Nacional», denominación adoptada por los jugadores para declarar que no solo era un equipo compuesto únicamente de jugadores colombianos sino que estos actuaban de forma «independiente» al sistema vigente en el fútbol colombiano, en el que los equipos no tenían problema en garantizar la titularidad de los jugadores extranjeros en los partidos en detrimento de los futbolistas nacionales. Esto, a su vez, puso en evidencia, ante la prensa y el público en general, el arreglo pactado entre los jugadores de la natillera y los liquidadores del equipo quienes, a su vez, habían mantenido pausada la liquidación del Atlético Nacional durante 2 años, en franca violación a los estatutos de la DIMAYOR. ↑ Quien pudiera ser o no un equipo embrión o el mismo Arsenal Football Club.

Después del two-minute warning solo los oficiales deciden si una jugada en particular debe ser revisada. Por ende, el ente organizador del fútbol profesional colombiano exigió al conjunto verdolaga una solución a las irregularidades antes del inicio del torneo, so pena de ser desafiliados y reemplazados por el naciente conjunto Once Caldas de Manizales. Para ello, hablaron con los liquidadores del equipo, Francisco Robles y Antonio Patiño Vinasco, con el fin de que este último, gracias a su relación con las directivas de la DIMAYOR, mantuviera los derechos de participación (o ficha) del Atlético Nacional y, así, que la natillera pudiera disputar el torneo profesional de fútbol. En consecuencia, se firmó un contrato de arrendamiento entre los participantes de la natillera y los liquidadores del Atlético Nacional: los jugadores recibirían el dinero de las taquillas, de allí pagaban los gastos del alquiler del estadio y del arriendo a los liquidadores del equipo verdolaga y se repartían lo que quedaba. Si el anterior ejercicio arrojaba pérdidas, en cambio, todos los jugadores del plantel aportaban de su propio dinero para cubrirlas. Llegaron jugadores consagrados como Luis Pentrelli, Perfecto Rodríguez, Ricardo Ramaciotti y Oswaldo Vega (quien llegó en reemplazo de Balassanián, que se marchó a mitad del Apertura).

La segunda parte del año en el Torneo Apertura 2015, se refuerza el equipo con; Esteban González procedente de Huachipato y un histórico como Yerson Opazo parte a la institución de la usina, Pedro Muñoz de la Universidad de Concepción, Emilio Zelaya de Arsenal de Sarandí y los retornos de Gonzalo Barriga que venía de un préstamo en Santiago Wanderers, y Ramón Fernández, Hans Martínez fue finiquitado del club, Sebastián Pinto va al Eskişehirspor, César Fuentes es comprado por la Universidad Católica y Alejandro López parte a Cobresal. En el campeonato de 1969 Nacional arrancó con puros criollos, pero al finalizar el torneo Apertura se encontraba en la última posición. Ante todos los otros rivales, el equipo verdolaga acumuló dos puntos más que el conjunto azucarero, pero ante su rival directo, Nacional sólo ganó uno de los cuatro partidos que disputaron a lo largo del año. El partido decisivo entre ambos se jugó en el estadio Pascual Guerrero faltando nueve fechas para la terminación del campeonato; fue victoria del local por 1-0 y a pesar del acoso del verde, el equipo caleño pudo conservar la punta. Local social del club, que cuenta con secretaría, cocina y bar.

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