En la temporada 1999-2000 el club acaba en la tercera posición de Segunda División, tras C. A. Osasuna y la U. D. Las Palmas, camiseta españa logrando así volver a la máxima categoría del fútbol español; ésta fue la primera temporada en la cual ascendieron directamente los tres mejores clasificados de Segunda en detrimento de los tres peores de Primera. Tras un único año en la máxima categoría, el CD Condal retomó su filiación con el F. C. Barcelona, jugando durante 15 años a caballo entre Segunda y Tercera División. Esta temporada contó con 14 especiales repartidos a lo largo de 3 años. En cuanto a lo técnico, es una temporada más simple visualmente, que a diferencia de la parte 1, rara vez ve a los personajes explorar nuevos entornos, estando mayormente ambientada en el fondo blanco clásico de toda la vida. Este proyecto nació en 2007 con la idea de realizar una película completa del personaje, la meta original era crear una cinta de 80 minutos de duración y con un apartado técnico que sacara a Pocoyó de su clásico fondo blanco, sin embargo el guion solo pudo ser estirado hasta los 25 minutos, lo cual llevó a que se reconsiderar el proyecto, quedando finalmente en un especial de 25 minutos y con una calidad técnica ligeramente superior a la de la serie normal.
Pueden o no contar con la participación del clásico narrador de la serie, a veces solo contando con las voces y sonidos de los personajes. Daniel Heredero y Nahum García fueron los que se dedicaron inicialmente a componer las primeras canciones de la serie, principalmente durante la era clásica y «Let’s Go Pocoyó!». De entre todos estos contenidos, el más destacable es Pocoyó y la Liga de los Súper Amigos Extraordinarios, pues fue creado específicamente para la película, y es el segundo largometraje de Pocoyó creado para cines. Disco Pocoyó es una miniserie derivada de Pocoyó que se estrenó durante el 2014 mediante el canal oficial de Pocoyó en YouTube, en esta Pocoyó y sus amigos presentaban distintos clips musicales protagonizados por el elenco de Pocoyó. Cuenta con múltiples discos y sencillos, tanto físicos como digitales, que han sido lanzados con los años, ya sea en forma de álbumes formales o simples videoclips subidos al canal oficial de Pocoyó en YouTube (hasta 2018, en 2019 crearon un canal exclusivo para la música infantil). Son similares en forma a los especiales de la tercera temporada, en que son una recopilación de episodios antiguos con un tema central que los une, aunque en esta ocasión contendrían un episodio completamente nuevo al inicio del especial, estos episodios tienen de mayoría una duración superior a los 7 minutos.
Debido a los buenos números que tuvieron los especiales de la temporada 4, tanto parte I y parte II, y como forma de mantener la serie activa en lo que se termina de producir la temporada 5, se creó un nuevo bloque de producción durante el 2021 para cumplir estos propósitos. La selección fue miembro provisional de la NF-Board en el 2005 y miembro asociado desde 2006 hasta la desaparición de la NF en 2013. Durante 2004 y hasta 2006 esta selección estuvo compuesta por jugadores del club danés Vestbjerg Vintage Idrætsforening, camisetas de fútbol un club de veteranos de la localidad de Aalborg. En ese partido tuvo que utilizar el uniforme de un club local, el Kimberley de Mar del Plata, al no contar a la hora del partido con un juego de camisetas suplentes para distinguirse del equipo rival. Cabe también mencionar al oriundo Aitor Karanka, quien pese a no debutar con el primer equipo fue formado en las categorías inferiores del club. Pero pese a la Copa no todo fue júbilo ese año, el exjugador y exentrenador vizcaíno Mundo falleció en Valencia, donde residía, quedando como máximo goleador en la historia del club y siendo uno de los jugadores que más títulos había conseguido para el Valencia CF con tres Ligas, dos Copas y dos Pichichis en su palmarés personal.
Cabe mencionar que el club en este torneo se mudó oficialmente al Estadio Manuel Felipe Carrera para disputar sus partidos de liga en un estadio remodelado y acondicionado para 6.000 personas. En la fase previa de la Liga de Campeones 2005-06, el Villarreal elimina al Everton F. C. inglés y accede a la fase de grupos de la máxima competición europea de clubes por primera vez en su historia. Una excepción a esto es el episodio «La Isla Dragón» que es un hito en cuanto animación para Pocoyó se refiere, pues es el primer episodio en ser grabado en un formato de live-action, pues Pocoyó y compañía visitan el mundo real por primera vez en su historia. Contienen canciones originales de Pocoyó así como sus primeras colaboraciones con otras agrupaciones, como el grupo español Conecta Kids. Al ser el país inventor de los Juegos Olímpicos, sería una de las pocas selecciones que contaba con un equipo de fútbol en las primeras ediciones de los Juegos. El siguiente reto era clasificar al equipo para la Eurocopa 2000, por primera vez sin los hermanos Laudrup.